Основными целями деятельности учреждения определены:

• Разномасштабные геолого-геохимические работы
• Научно-методическое и информационно-аналитическое обеспечение ГРР
• Лабораторно-аналитические и технологические исследования
• Геоэкологические исследования

Государственное задание Федерального агентства по недропользованию от 25.12.2024 № 049-00006-25-00 на 2025 год и на плановый период 2026 и 2027 годов предписало ФГБУ «ИМГРЭ» выполнить следующие работы:

• Региональное геологическое изучение недр
• Тематические и опытно-методические работы, связанные с геологическим изучением недр
• Создание государственной сети опорных геолого-геофизических профилей, параметрических и сверхглубоких скважин